HTTP接続元制限で海外接続を「制限する」にした場合、海外からの検索エンジンのクローラーも制限の対象になりますか？

はい、制限の対象になります。
また、海外接続制限では「制限しない」に設定しても、制限IPアドレス設定で海外のIPアドレスを設定した場合は制限の対象になります